集成Posit Workbench与Slurm＃
概述＃
这些步骤描述了如何集成Posit Workbench，以前的RStudi英格兰vs伊朗让球o工作台，使用Launcher和Slurm。
在此配置中，Workbench和Launcher服务将被安装到Slurm集群中的一个节点上，而Workbench会话组件将被安装到所有其他Slurm节点上。
信息
启动器是RStudio Workbench 1.2的一个新英格兰vs伊朗让球特性1这只能在指定用户许可下使用。英格兰vs伊朗让球没有Launcher的RStudio Workbench 1.2在现有的基于服务器的许可下可用。有关在Workbench中使用Launcher的问题，请联系sales@英格兰vs伊朗让球rstudio.com。
先决条件＃
- 已存在的Slurm集群
- Slurm的最低支持版本卡塔尔世界杯欧洲预选赛赛程表，20.02.x
- 进入
rsession.conf文件:- 的
rsession.conf包含特定于工作台启动的会话的配置。因此，它需要存在于运行会话的Slurm节点上。看到附录H - session.conf节获取更多信息。
- 的
飞行前配置检查＃
验证主用Slurm计算节点
在配置了Slurm的机器上，通过运行以下命令，确保有一个或多个工作节点准备接受作为Slurm集群一部分的作业:
终端＄sinfo
用测试作业验证功能
在配置了Slurm的机器上，通过运行test命令确保能够将示例作业部署到Slurm集群:
终端＄srun日期你也可以创建一个名为submit.sh的示例脚本:
文件:submit.sh#！/bin/bash＃# SBATCH——作业名=测试# = res.txt SBATCH——输出＃# SBATCH——ntasks = 1# SBATCH——时间= 10srun主机名srun睡眠60然后执行以下命令提交作业:
终端＄sbatchsubmit.sh验证它是否在Slurm集群上成功运行。
步骤1。在一个Slurm节点上安装Workbench＃
你可以安装工作台在任何可以访问Slurm工具的Slurm节点上，例如sbatch，srun，sinfo等。这可以是一个Slurm登录/提交节点、控制节点或计算节点。
请注意
您只需要在一个节点上安装Workbench。在后面的步骤中，您将在其他Slurm节点上安装R和Workbench Session Components。
步骤2。使用启动器配置工作台＃
在安装Workbench的节点上，将以下几行添加到Workbench配置文件中:
文件:/etc/rst英格兰vs伊朗让球udio/rserver.conf# Launcher配置launcher-address=127.0.0.1launcher-port=5559launcher-sessions-enabled=1launcher-default-cluster=Slurmlauncher-sessions-callback-address=http:// <服务器地址>:8787我们建议您这样做:
- 在
launcher-sessions-callback-address设置时，应替换<服务器地址>使用Workbench的主机名或IP地址。 如果使用HTTPS或其他端口，还应该更改协议和端口。
请注意
如果正在使用HTTPS，请确保已设置
launcher-use-ssl = 1在rserver.conf文件。
- 在
确保
launcher-sessions-callback-address可以从Slurm计算节点访问。
步骤3。配置启动器设置和插件＃
在安装Workbench的节点上，向Launcher配置文件中添加以下几行:
文件:/etc/rst英格兰vs伊朗让球udio/launcher.conf(服务器)地址=127.0.0.1港口=5559服务器用户=英格兰vs伊朗让球rstudio-server管理员组=英格兰vs伊朗让球rstudio-serverauthorization-enabled=1线程池的大小=4enable-debug-logging=1(集群)名字=Slurm类型=Slurm
步骤4。配置Launcher Slurm插件的配置文件＃
在安装Workbench的节点上，向Launcher配置文件中添加以下几行:
文件:/etc/rst英格兰vs伊朗让球udio/launcher.slurm.profiles.conf(*)default-cpus=1default-mem-mb=512max-cpus=2max-mem-mb=1024
第5步。用Slurm配置启动器＃
在安装Workbench的节点上，将以下几行添加到Launcher Slurm配置文件中:
文件:/etc/rst英格兰vs伊朗让球udio/launcher.slurm.confslurm-service-user=slurmenable-debug-logging=1请注意
如果Slurm命令行安装在非默认位置，则必须在Slurm配置文件中指定。例如:
文件:/etc/rst英格兰vs伊朗让球udio/launcher.slurm.confslurm-service-user=slurmslurm-bin-path=/usr/local/bin如果在配置文件中添加非默认位置失败，则可能返回以下错误:
错误3 Aug 2021 17：[42:42]英格兰vs伊朗让球 [rstudio-slurm-launcher] ERROR slurm ERROR 7 (slurm command exit due to a unknown ERROR: /bin/sh: scontrol: command not found .
的slurm-service-user应该与集群中的Slurm服务用户匹配。
步骤6。验证Slurm配置和集群环境＃
验证Workbench和Launcher是否满足以下要求，以便与您的Slurm集群一起工作:
- 所有Slurm节点都应该通过共享文件存储挂载用户的主目录，并在所有节点上使用匹配的用户和组id。
- 的
根用户应该对所有用户的主目录具有读访问权限。 在您的Slurm配置文件(
slurm.conf),MinJobAge设置应等于或大于job-expiry-time设置在/etc/英格兰vs伊朗让球rstudio/launcher.conf，默认为24小时。如果它们都是24小时，你需要设置MinJobAge = 86400在你的slurm.conf。请注意
的
MinJobAge设置在slurm.conf以秒而不是小时为单位配置。
步骤7。确保Slurm计算节点上的R可用＃
- 在集群中的每个Slurm计算节点上(您没有安装Workbench)，您需要安装一个或多个版本的R和相关的R包，以便能够通过Slurm启动R会话。
- 我们建议将R安装到共享文件服务器或网络驱动器位置，以便所有计算节点都可以使用任何已安装的包。您还可以使用集群上可用的现有版本的R和环境模块。
当使用多个版本的R时，共享文件
/var/lib/英格兰vs伊朗让球rstudio-server / r-versions必须被所有Slurm节点可达。注意，这个文件是由Workbench生成的，它的位置可以通过设置来改变r-versions-path = <共享目录> / r-versions在rserver.conf。信息
有关在多个版本的R和模块加载中使用Launcher和Slurm的更多信息，请参阅R的多个版本和模块加载部分和R版本部分。
- 或者，您可以按照以下步骤手动安装R和R包安装R在每个Slurm计算节点上。
步骤8。在Slurm计算节点上安装Workbench会话组件＃
在集群中的每个Slurm计算节点上(没有安装Workbench的节点)，您需要安装Workbench会话组件并创建一个英格兰vs伊朗让球rstudio-server用户可以通过Slurm启动R会话。
在每个Slurm计算节点上安装Workbench会话组件的命令如下:
sudo yum安装libcurl-devel libuser-devel openssl-devel rrdtool postgresql-libs curl https://download1.rstudio.or英格兰vs伊朗让球g/session/rhel8/x86_64/rsp - o -会话rhel8 2022.12.0 - 353. - pro20 x86_64.tar.gz sudo mkdir - p /usr/lib/rstudio-server sudo焦油-zxvf。/负责会话- rhel8 2022.12.0 - 353. - pro20 - x86 - 64. - tar.gz - c /usr/lib/rstudio-server / sudo mv /usr/lib/rstudio-server rsp-session * / * /usr/lib/rstudio-server / sudo rm射频/usr/lib/rstudio-server / rsp-session * rm - f。/负责会话- rhel8 2022.12.0 pro20.tar.gz——353.sudo yum install libcurl-devel libuser-devel openssl-devel rrdtool postgresql-libs curl -O https://download1.英格兰vs伊朗让球rstudio.org/session/centos7/x86_64/rsp-session-centos7-2022.12.0-353.pro20-x86_64.tar.gz sudo mkdir -p /usr/lib/rstudio-server sudo tar -zxvf ./rsp-session-centos7-2022.12.0-353.pro20-x86_64.tar.gz -C /usr/lib/rstudio-server/ sudo mv /usr/lib/rstudio-server/rsp-session*/* /usr/lib/rstudio-server/ sudo rm -rf /usr/lib/rstudio-server/rsp-session* rm -f。/负责会话- centos7 2022.12.0 pro20.tar.gz——353.sudo apt-get安装旋度libcurl4-gnutls-dev libssl1.0.0 libssl-dev libuser libuser1-dev rrdtool libpq5 curl - o https://download1.rstudio.o英格兰vs伊朗让球rg/session/bionic/amd64/rsp会话-仿生2022.12.0 - 353. - pro20 amd64.tar.gz sudo mkdir - p /usr/lib/rstudio-server sudo焦油-zxvf。/负责会话-仿生2022.12.0 - 353. - pro20 amd64.tar.gz - c /usr/lib/rstudio-server / sudo mv /usr/lib/rstudio-server / rsp-session * / * /usr/lib/rstudio-server / sudo rm射频/usr/lib/rstudio-server / rsp-session * rm - f。/负责会话-仿生2022.12.0 pro20.tar.gz——353.sudo zypper安装libuser-devel curl https://download1.rstudio.or英格兰vs伊朗让球g/session/opensuse15/x86_64/rsp - o -会话opensuse15 2022.12.0 - 353. - pro20 x86_64.tar.gz sudo mkdir - p /usr/lib/rstudio-server sudo焦油-zxvf。/负责-会话opensuse15 2022.12.0 - 353. - pro20 x86_64.tar.gz - c /usr/lib/rstudio-server / sudo mv /usr/lib/rstudio-server rsp-session * / * /usr/lib/rstudio-server / sudo rm射频/usr/lib/rstudio-server / rsp-session * rm - f。/负责会话- opensuse15 2022.12.0 pro20.tar.gz——353.所需的依赖项
RHEL / CentOS：
- 你必须安装
postgresql-libs因为它是必需的。
Debian / Ubuntu：
- 你必须安装
libpq5因为它是必需的。
- 你必须安装
创建
英格兰vs伊朗让球rstudio-server在每个Slurm计算节点上，首先检查uid和gid的英格兰vs伊朗让球rstudio-server运行用户id 英格兰vs伊朗让球rstudio-server在Workbench主机上。然后，在每个计算节点上执行如下命令:终端＄sudogroupadd——系统——gid< gid的英格兰vs伊朗让球rstudio-server >英格兰vs伊朗让球rstudio-server美元sudouseradd——系统——gid英格兰vs伊朗让球rstudio-server——uid< uid的英格兰vs伊朗让球rstudio-server >英格兰vs伊朗让球rstudio-server
第9步。重新启动工作台和启动器服务＃
执行以下命令重新启动服务。
终端＄sudo英格兰vs伊朗让球rstudio-server重启美元sudo英格兰vs伊朗让球rstudio-launcher重新启动
第10步。使用Launcher和Slurm测试工作台＃
- 在浏览器中，导航到Workbench界面并登录。
- 选择新会话，然后单击开始会议按钮。
- 然后，您可以使用RStudio会话，它将作英格兰vs伊朗让球为Slurm作业运行。
附加的文档＃
有关Workbench和Launcher的更多信息，请参阅以下参考文档:
Workbench和Slurm故障排除＃
请参阅有关的支持文章卡塔尔世界杯欧洲预选赛赛程表排除启动器和Slurm在工作台有关使用Launcher和Slurm对Workbench进行故障排除的更多信息。
对于1.4之前的版本，我们将继续使用RStudio Se英格兰vs伊朗让球rver Pro的名称。↩