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将RStudio Wor英格兰vs伊朗让球kbench与Slurm集成＃

概述＃

这些步骤描述了如何集成RStudio Workbench，英格兰vs伊朗让球前身为RStudi英格兰vs伊朗让球o Server Pro1，使用Launcher和Slurm。

在此配置中，RStudio Workbench和Lau英格兰vs伊朗让球ncher服务将安装到Slurm集群中的一个节点上，而RStudio Workbench会话组件将安装到所有其他Slurm节点上。

信息

Launcher是RStudio Workbench 1.英格兰vs伊朗让球2的一个新特性2这只在命名用户许可下可用。英格兰vs伊朗让球没有Launcher的RStudio Workbench 1.2在现有的基于服务器的许可下可用。关于在RStudio Workbench中使用Launcher的问题，请联系英格兰vs伊朗让球sales@英格兰vs伊朗让球rstudio.com．

先决条件＃

  • 一个现有的Slurm集群
  • Slurm的最低支持版本卡塔尔世界杯欧洲预选赛赛程表是20.02.x

飞行前的配置检查＃

验证主Slurm计算节点

  • 在一台配置了Slurm的机器上，通过运行以下命令，确保有一个或多个工作节点准备接受作为Slurm集群一部分的作业:

    终端 
    sinfo美元

用测试作业验证功能

  • 在一台配置了Slurm的机器上，通过运行测试命令，确保您能够将一个示例作业部署到您的Slurm集群:

    终端 
    美元srun日期

  • 你也可以创建一个名为submit.sh的示例脚本:

    文件:submit.sh 
    # !/bin/bash＃# SBATCH——作业名=测试# = res.txt SBATCH——输出＃# SBATCH——ntasks = 1# SBATCH——时间= 10Srun主机名Srun睡眠60

  • 然后执行以下命令提交作业:

    终端 
    美元sbatch submit.sh

  • 验证它是否在Slurm集群上成功运行。

步骤1。在一个Slurm英格兰vs伊朗让球节点上安装RStudio Workbench＃

你可以安装RStudi英格兰vs伊朗让球o工作台可以访问Slurm工具的任何Slurm节点，例如sbatch，srun，sinfo等。这可以是Slurm登录/提交节点、控制节点或计算节点。

请注意

您只需要在一个节点上安装RStudio Workb英格兰vs伊朗让球ench。在后面的步骤中，您将在其他Slurm节点上安装R和RStudio工作台会话组件。英格兰vs伊朗让球

步骤2。使用Launcher英格兰vs伊朗让球配置RStudio Workbench＃

  • 在安装了RStudio Workbe英格兰vs伊朗让球nch的节点上，向RStudio Workbench配置文件中添加以下行:

    文件:/etc/rst英格兰vs伊朗让球udio/rserver.conf 
    #发射器配置launcher-address=127.0.0.1launcher-port=5559launcher-sessions-enabled=1launcher-default-cluster=Slurmlauncher-sessions-callback-address=http:// <服务器地址>:8787

  • 我们建议您做以下工作:

    • 在launcher-sessions-callback-address设置，您应该更换<服务器地址>带有RStudio Workbench的主机名或IP地址。英格兰vs伊朗让球

    • 如果使用HTTPS或其他端口，还应该更改协议和端口。

      请注意

      如果使用的是HTTPS，请确保使用了launcher-use-ssl = 1中配置rserver.conf文件。

  • 确保launcher-sessions-callback-address可以从Slurm计算节点访问。

步骤3。配置启动器设置和插件＃

  • 在安装了RStudio Workbe英格兰vs伊朗让球nch的节点上，向Launcher配置文件添加以下行:

    文件:/etc/rst英格兰vs伊朗让球udio/launcher.conf 
    (服务器)地址=127.0.0.1港口=5559服务器用户=英格兰vs伊朗让球rstudio-server管理员组=英格兰vs伊朗让球rstudio-serverauthorization-enabled=1线程池的大小=4enable-debug-logging=1(集群)的名字=Slurm类型=Slurm

步骤4。为Launcher Slurm插件配置配置文件＃

  • 在安装了RStudio Workbe英格兰vs伊朗让球nch的节点上，向Launcher配置文件添加以下行:

    文件:/etc/rst英格兰vs伊朗让球udio/launcher.slurm.profiles.conf 
    (*)default-cpus=1default-mem-mb=512max-cpus=2max-mem-mb=1024

第5步。使用Slurm配置Launcher＃

  • 在安装了RStudio Workbe英格兰vs伊朗让球nch的节点上，向Launcher Slurm配置文件中添加以下行:

    文件:/etc/rst英格兰vs伊朗让球udio/launcher.slurm.conf 
    slurm-service-user=slurmenable-debug-logging=1

    请注意

    如果Slurm CLI安装在非默认位置，则必须在Slurm配置文件中指定。例如:

    文件:/etc/rst英格兰vs伊朗让球udio/launcher.slurm.conf 
    slurm-service-user=slurmslurm-bin-path=/usr/local/bin

    如果在配置文件中添加非默认位置失败，则可能返回以下错误:

    错误 
    [rstudio-slurm-launche英格兰vs伊朗让球r] ERROR slurm ERROR 7 (slurm command exited due to an unknown ERROR: /bin/sh: scontrol: command not found .

的slurm-service-user应该与集群中的Slurm服务用户相匹配。

步骤6。验证Slurm配置和集群环境＃

  • 验证满足以下要求，以便RStudio Workbench和Launcher与您的Slurm集群工作:英格兰vs伊朗让球

    • 所有Slurm节点都应该通过共享文件存储挂载用户的主目录，并在所有节点上使用匹配的用户和组id。
    • 的根用户应该对所有用户的主目录有读访问权。

    • 在您的Slurm配置文件(slurm.conf),MinJobAge设置应等于或大于job-expiry-time设置在/etc/英格兰vs伊朗让球rstudio/launcher.conf，默认为24小时。为了使它们都是24小时，你需要设置MinJobAge = 86400在你的slurm.conf．

      请注意

      的MinJobAge设置在slurm.conf配置为秒，而不是小时。

步骤7。确保Slurm计算节点上有“R”可用＃

  • 在集群中的每个Slurm计算节点上(您没有安装RStudio Workbench)，您将需要安装一个或多个版本的R和相关的R包，以便能够通英格兰vs伊朗让球过Slurm启动R会话。
  • 我们建议将R安装到共享文件服务器或网络驱动器位置，以便所有计算节点都可以使用任何已安装的包。您还可以使用集群上可用的现有版本的R和环境模块。

  • 当使用多个版本的R时，共享文件/var/lib/英格兰vs伊朗让球rstudio-server / r-versions必须被所有Slurm节点访问。注意，这个文件是由RStudio Workbench生成的，它的位置可以英格兰vs伊朗让球通过设置来更改r-versions-path = <共享目录> / r-versions在rserver.conf．

    信息

    有关在R的多个版本中使用Launcher和Slurm以及模块加载的更多信息，请参阅R和模块加载的多个版本RStudio工作台启动器管理英格兰vs伊朗让球指南和R版本RStudio工作台管理指南的英格兰vs伊朗让球部分。

    • 或者，您也可以按照下面的步骤手动安装R和R包安装R在每个Slurm计算节点上。

步骤8。在Slurm计算英格兰vs伊朗让球节点上安装RStudio Workbench会话组件＃

在集群中的每个Slurm计算节点上(您没有在其中安装RStudio Workbench)，您将需要安装RStudio Workbench会英格兰vs伊朗让球话组件并创建一个英格兰vs伊朗让球rstudio-server用户能够通过Slurm启动R会话。

  • 使用以下命令在每个Slurm计算节点上安装RStudio Workbench会话组件英格兰vs伊朗让球:

    sudo yum安装libcurl-devel libuser-devel openssl-devel rrdtool postgresql-libs curl - o https://s3.amazonaws.com/rstudi英格兰vs伊朗让球o ide - build/session/rhel8/rsp会话- rhel8 2022.02.3 - 492. - pro3.tar.gz sudo mkdir - p /usr/lib/rstudio-server sudo焦油-zxvf。/负责会话- rhel8 2022.02.3 - 492. - pro3.tar.gz - c /usr/lib/rstudio-server / sudo mv /usr/lib/rstudio-server rsp-session * / * /usr/lib/rstudio-server / sudo rm射频/usr/lib/rstudio-server / rsp-session * rm - f。/负责会话- rhel8 2022.02.3 pro3.tar.gz——492.
    sudo yum安装libcurl-devel libuser-devel openssl-devel rrdtool postgresql-libs curl - o https://s3.amazonaws.com/rstudi英格兰vs伊朗让球o ide - build/session/centos7/rsp会话- centos7 2022.02.3 - 492. - pro3.tar.gz sudo mkdir - p /usr/lib/rstudio-server sudo焦油-zxvf。/负责会话- centos7 2022.02.3 - 492. - pro3.tar.gz - c /usr/lib/rstudio-server / sudo mv /usr/lib/rstudio-server rsp-session * / * /usr/lib/rstudio-server / sudo rm射频/usr/lib/rstudio-server / rsp-session * rm - f。/负责会话- centos7 2022.02.3 pro3.tar.gz——492.
    sudo apt-get安装旋度libcurl4-gnutls-dev libssl1.0.0 libssl-dev libuser libuser1-dev rrdtool libpq5 curl - o https://s3.amazonaws.com/rstudio i英格兰vs伊朗让球de - build/session/bionic/rsp会话-仿生2022.02.3 - 492. - pro3.tar.gz sudo mkdir - p /usr/lib/rstudio-server sudo焦油-zxvf。/负责会话-仿生2022.02.3 - 492. - pro3.tar.gz - c /usr/lib/rstudio-server / sudo mv /usr/lib/rstudio-server rsp-session * / * /usr/lib/rstudio-server / sudo rm射频/usr/lib/rstudio-server / rsp-session * rm - f。/负责会话-仿生2022.02.3 pro3.tar.gz——492.
    sudo apt-get安装rrdtool libuser libuser1-dev libpq5 curl - o https://s3.amazonaws.com/rstudi英格兰vs伊朗让球o ide - build/session/debian9/rsp会话- debian9 2022.02.3 - 492. - pro3.tar.gz sudo mkdir - p /usr/lib/rstudio-server sudo焦油-zxvf。/负责会话- debian9 2022.02.3 - 492. - pro3.tar.gz - c /usr/lib/rstudio-server / sudo mv /usr/lib/rstudio-server rsp-session * / * /usr/lib/rstudio-server / sudo rm射频/usr/lib/rstudio-server / rsw-session * rm - f。/负责会话- debian9 2022.02.3 pro3.tar.gz——492.
    sudo zypper安装libuser-devel curl - o https://s3.amazonaws.com/rstudi英格兰vs伊朗让球o ide - build/session/opensuse/rsp会话- opensuse 2022.02.3 - 492. - pro3.tar.gz sudo mkdir - p /usr/lib/rstudio-server sudo焦油-zxvf。/负责会话- opensuse 2022.02.3 - 492. - pro3.tar.gz - c /usr/lib/rstudio-server / sudo mv /usr/lib/rstudio-server rsp-session * / * /usr/lib/rstudio-server / sudo rm射频/usr/lib/rstudio-server / rsp-session * rm - f。/负责会话- opensuse 2022.02.3 pro3.tar.gz——492.

    所需的依赖项

    RHEL / CentOS：

    • 您必须安装postgresql-libs因为这是一个要求。

    Debian / Ubuntu：

    • 您必须安装libpq5因为这是一个要求。

  • 创建英格兰vs伊朗让球rstudio-server在每个Slurm计算节点上，首先检查uid而且gid的英格兰vs伊朗让球rstudio-server用户通过运行id 英格兰vs伊朗让球rstudio-server在RStudi英格兰vs伊朗让球o Workbench主机上。然后，在每个计算节点上执行如下命令:

    终端 
    $ sudo useradd——system——gid < rstudio-s英格兰vs伊朗让球erver> rstudio-server的gid $ sudo useradd——system——gid rstudio-server——uid < rstudio-server> rstudio-server的uid

第9步。重新启动RStu英格兰vs伊朗让球dio工作台和启动器服务＃

  • 2 .执行以下命令重启服务:

    终端 
    $ sudo 英格兰vs伊朗让球rstudio-server restart

第10步。用Laun英格兰vs伊朗让球cher和Slurm测试RStudio Workbench＃

  • 在浏览器中，导航到RStudio Workbench界面并登录。英格兰vs伊朗让球
  • 选择新会话，然后按开始会议按钮。
  • 然后可以使用RStudio Session英格兰vs伊朗让球，它将作为Slurm作业运行。

附加的文档＃

有关RStudio Workbench和Laun英格兰vs伊朗让球cher的更多信息，请参考以下参考文档:

故障排除RStudio工作台和S英格兰vs伊朗让球lurm＃

请参阅有关的支持文章卡塔尔世界杯欧洲预选赛赛程表RStudio Workbench中的故障排除启动器和Slurm英格兰vs伊朗让球了解有关使用Launcher和Slurm排除RStudio Workbench故障的更多信息英格兰vs伊朗让球。

  1. 我们已经将RStudio Ser英格兰vs伊朗让球ver Pro重命名为RStudio Workbench。这一变化反映了该产品对广泛不同开发环境的日益增长的支持。卡塔尔世界杯欧洲预选赛赛程表请见我们的官方公告和检查我们的常见问题解答关于从RStudio Server Pro到RStudio W英格兰vs伊朗让球orkbench的名称更改。↩

  2. 我们将继续使用RStudio Server Pro名称来英格兰vs伊朗让球引用1.4之前的版本。↩

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