近20年来,我一直在开发、维护和支持R包R/qtl,用于在实验杂交(如小鼠)中绘制数量性状位点(导致数量性状变异的遗传位卡塔尔世界杯欧洲预选赛赛程表点,如血压)。它是一个相当大的包,包含39k行R代码,24k行C代码,以及近300个用户可访问的函数。在过去的几年里,我一直致力于重写包,以更好地处理高维数据和更复杂的实验交叉。这是利用许多新工具的好机会,包括Rcpp、Roxygen2和testthat。我将描述我为避免重复我第一次犯的错误所做的努力。
Karl Broman是威斯康星大学麦迪逊分校生物统计与医学信息系教授;统计遗传学研究;R/qtl的开发者(用于R)。
卡尔于1991年获得威斯康星大学密尔沃基分校的数学学士学位,1997年获得加州大学伯克利分校的统计学博士学位;他的博士导师是特里·斯毕德。1997-1999年,他是马什菲尔德临床研究基金会詹姆斯·韦伯的博士后研究员。1999年至2007年,他是约翰霍普金斯大学生物统计系的教员。2007年,他搬到威斯康星大学麦迪逊分校,现在是那里的教授。
卡尔是《遗传学》的高级编辑,《PeerJ》的学术编辑,以及BMC生物学编辑委员会的成员。
卡尔是一名应用统计学家,专注于遗传学和基因组学的问题-特别是对减数分裂重组的分析和实验生物中复杂性状的遗传解剖。后者通常被称为“QTL映射”。QTL是一个数量性状位点——一个影响数量性状的遗传位点。最近,他一直专注于开发用于高维遗传数据的交互式数据可视化;请参阅他的R/qtlcharts包和D3示例。