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集成RStudio Wo英格兰vs伊朗让球rkbench与Jupyter笔记本、Launcher和Slurm

概述

这些步骤描述了如何集成RStudio Workbench,英格兰vs伊朗让球前身为RStudi英格兰vs伊朗让球o Server Pro1Jupyter notebook运行Launcher和Slurm。

信息

Launcher是RStudio Server Pro 1英格兰vs伊朗让球.2的一个新特性2仅在指定用户许可下可用。英格兰vs伊朗让球没有Launcher的RStudio Server Pro 1.2在现有的基于服务器的许可下可用。关于在RStudio Workbench中使用Launcher的问题,请联系英格兰vs伊朗让球sales@英格兰vs伊朗让球rstudio.com

先决条件

这个集成打算在已经配置了Launcher和Slurm的RStudio Workbench的安装之上执行。英格兰vs伊朗让球

步骤1。确保每个节点上都有Python可用

  • 确保Slurm集群中的每个节点上都有Python可用。

    • 如果需要,你可以安装Python,皮普,virtualenv在每个节点上执行到的步骤安装Python

      信息

      我们推荐的Python安装说明允许您在更新系统包时使用多个版本的Python,并避免替换现有版本的Python。

步骤2。在每个节点上安装Jupyter notebook、JupyterLab和Python包

  • 在前面的步骤中,仍然应该有PYTHON_VERSION使用您安装的Python版本定义的环境变量。

    • 如果不是,可以先定义这个环境变量,然后运行以下命令进行替换3.7.7你正在使用的Python版本:

      终端
      出口PYTHON_VERSION3..7.7
  • 安装Jupyter notebook, JupyterLab,以及RStudio Workbench和RStudio Connect的note英格兰vs伊朗让球book扩展:

    终端
    $ sudo /opt/python/$ {PYTHON_VERSION/bin/pip安装jupyter jupyterlab rsp_jupyter rsconnect_jupyter
  • 安装并启用Jupyter Notebook扩展:

    终端
    $ sudo /opt/python/$ {PYTHON_VERSION/bin/jupyter-nbextension install——sys-prefix——py rsp_jupyter $ sudo /opt/python/$ {PYTHON_VERSION/bin/jupyter-nbextension启用——sys-prefix——py rsp_jupyter $ sudo /opt/python/$ {PYTHON_VERSION/bin/jupyter-nbextension install——sys-prefix——py rsconnect_jupyter $ sudo /opt/python/$ {PYTHON_VERSION/bin/jupyter-nbextension启用——sys-prefix——py rsconnect_jupyter $ sudo /opt/python/$ {PYTHON_VERSION/bin/jupyter-serverextension启用——sys-prefix——py rsconnect_jupyter
  • (可选)安装补充Python包:

    终端
    $ sudo /opt/python/$ {PYTHON_VERSION/bin/pip安装Altair beautifulsoup4Cloudpickle cython dask gensim keras matplotlib NLTK numpy熊猫枕头Pyarrow请求scipy scikit-image scikit-learn scrapy seaaborn spaceSqlalchemy statmodels tensorflow xgboost

步骤3。配置启动器与Jupyter笔记本

  • 在Launcher Jupyter配置文件中添加以下行:

    文件:/etc/rst英格兰vs伊朗让球udio/jupyter.conf
    jupyter-exe/ opt / python / 3.7.7 / bin / jupyternotebooks-enabled1labs-enabled1default-session-cluster当地的
  • 如果您安装的版本不是Python 3.7.7,则可以替换3.7.7在上面jupyter-exe设置为您安装的Python版本。

步骤4。重新启动RStu英格兰vs伊朗让球dio Workbench和Launcher服务

  • 重启服务:

    终端
    $ sudo 英格兰vs伊朗让球rstudio-server restart $ sudo rstudio-launcher restart

第5步。用Laun英格兰vs伊朗让球cher和Jupyter notebook测试RStudio Workbench

  • 从浏览器导航到RStudio Workbench界面并登录。英格兰vs伊朗让球
  • 选择新会话并做到以下几点:

  1. 为会话指定一个名称。
  2. 编辑器字段,选择其中之一Jupyter笔记本JupyterLab作为IDE。
  3. 点击开始会议

Jupyter Notebook本地插件UI的截图,显示新会话配置面板和使用Jupyter Notebook选项配置的新会话的编辑器。

现在,您可以使用Jupyter notebook或JupyterLab接口。

重要的

一些本地Jupyter配置可能会阻止JupyterLab会话在RStudio Workbench中正确启动。英格兰vs伊朗让球例如,在文件中设置密码~ / .jupyter / jupyter-server-config.json~ / jupyter / jupyter-server-config.py,将导致JupyterLab会话启动,但不通过RStudio Workbench接口加载。英格兰vs伊朗让球注释掉相关的配置就足以恢复预期的功能。

(可选)配置多个Python版本或环境

上面描述的Python集成步骤会产生一个单一的Python环境,其中既包含Jupyter notebook的核心包,也包含最终用户的Python包。

虽然这是一种简单的方法,但如果最终用户希望使用同一包的不同版本,或者某些包与Jupyter notebook的核心包冲突,则这种设置可能会导致问题。

如果您想使用多个版本的Python或不同的Python环境,或者如果您想在与最终用户的Python包分开的环境中安装Jupyter Notebook,则可以参考的文档使用Jupyter的多个Python版本和环境

RStudio Workbenc英格兰vs伊朗让球h和Jupyter故障排除

参考有关的支持文章卡塔尔世界杯欧洲预选赛赛程表在RStudio Workbench中对Jupyter笔记本进行故障排除英格兰vs伊朗让球有关使用Jupyter排除RStudio Workbench故障的其他信息。英格兰vs伊朗让球

附加的文档

有关RStudio Workbench和Laun英格兰vs伊朗让球cher的更多信息,请参阅以下参考文档:


  1. 我们已经将RStudio Ser英格兰vs伊朗让球ver Pro重命名为RStudio Workbench。这一变化反映了该产品对各种不同开发环境日益增长的支持。卡塔尔世界杯欧洲预选赛赛程表请联系我们的官方公告复习我们的常见问题解答关于从RStudio Server Pro到RStudio W英格兰vs伊朗让球orkbench的名称更改。

  2. 对于1.4之前的版本,我们将继续使用RStudio Se英格兰vs伊朗让球rver Pro名称。

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